無変換キーか C-Backspace で確定アンドゥを行うと、Weblog 61℃: DvorakJ + ATOK2012 での確定アンドゥ で説明されているとおりの挙動を示すことがあります。 これは、ATOK が確定アンドゥを行う際、DvorakJ が不必要な Backspace を発行してしまうからです。 ここで発行される Backspace は、「間隔」の「キーを発行する毎に何ミリ秒遅延させるか」を0にしていれば実質的に弊害はありません。
確定アンドゥの挙動がおかしくなる方は、「間隔」の「キーを発行する毎に何ミリ秒遅延させるか」を0に設定してください。
なお、そう設定することで他のソフトウェアの挙動が変わるかもしれません。 もともとこのような遅延処理は、発行されたキーを特定のソフトウェアが認識できない事態に対処するために導入したものです。 その機能を無効化するのですから、素早いキー入力に対応していないソフトウェアの使い勝手は悪化してしまうおそれがあります。
以下のように同時に打鍵してから順に打鍵するよう設定したとき（同時に打鍵するキーは文字キーか否かを問いません）、出力処理が正常でありません。 これは 2011-01-31 版以後で生じている不具合です。
(-henkan-10)[
並|伝|青|整| |食|{U+30E6}|相 |解|配|
念|税|黒|警| |主|{U+30E8}|{U+30E4}| |空|“|
返|祭|曇| | |必|講 |使 |左|展|
]
対処策は、2011-01-31 版以前の版を使用することです（たとえば 2011-01-28 版）。 この不具合は後に修正します。
DvorakJ で何かしらの出力処理を行うと、Ctrl や Alt といった修飾キーが押されたままになってしまいます。 そのときには押されたままになっているキーを手動で押し下げなければなりません。
この不具合の原因は不明です。 修飾キーが勝手に押されたままになってしまうという症状は、思うに、DvorakJ の開発言語である AutoHotkey に由来する不具合でしょう（AutoHotkey スレッド part12 のレス7参照。）。
以下のようなキーをそれぞれ三つ同時に打鍵すると DvorakJ が正常に動作しません。
これは、 AutoHotkey のホットキーの制約に牴触しているために生じる現象です。 AutoHotkey では、修飾キーを押し上げている最中に文字や数字を押し下げるもの、たとえば、Ctrlを押しながらAを押し下げるもの なら自由に設定できます。 他方、修飾キー、文字や数字、その他をすべて押し下げるよう設定できません。 AutoHotkey の当該制約の詳細については ホットキーの「コンビネーションキー」を参照してください。
AutoHotkey の機能が拡張されない限り、この症状に対処する策は存在しません。
下記のソフトウェアと DvorakJ を併用すると、DvorakJ から文字を出力する機能が制約されるようです。 通常通り文字を入力するには DvorakJ の機能を一時的に無効にしてください。
ただし、Microsoft Office Word 2003 の件については対処法が存在するようです。 Microsoft Office IME 2010 を導入するのです。 これを導入することで Word 2003 の環境で DvorakJ を正常に使用出来るようになるとの報告を受けています（omine3の備忘録集 IME2010情報をざっくりまとめてみました参照。）。